Ο επιβατικός σταθμός του λιμένος έχει έκταση 2.500m2 και είναι σύγχρονα οργανωμένος, ώστε να παρέχει όλες τις υπηρεσίες που προβλέπονται από τη νομοθεσία (έλεγχος διαβατηρίων, ατομικός ειδικός έλεγχος, κλπ) και απαιτούνται από τις εταιρίες κρουαζιέρας (ταυτοποίηση επιβιβαζόμενου, έλεγχος χειραποσκευών, κ.α.), αλλά και ιδιαίτερο χώρο για τον έλεγχο επιβίβασης (check-in) και αποσκευών .

Επίσης, σε αυτόν στεγάζονται καταστήματα για παροχή ροφημάτων, ελαφρών γευμάτων, αναψυκτικών και άλλων ειδών (αρώματα, κοσμήματα, αναμνηστικά, κλπ). Ακόμα παρέχονται υπηρεσίες, ιδιαίτερα σημαντικές για κάθε επισκέπτη, όπως ενοικίασης αυτοκινήτων, εξυπηρέτησης ταξί, τουριστικών λεωφορείων περιήγησης (ανοιχτού τύπου), κλπ.

Ο Οργανισμός Λιμένος Ηρακλείου διατηρεί εντός του σταθμού ειδικό σημείο ενημέρωσης για όλους τους επιβάτες, όπου παρέχονται πληροφορίες για την πόλη και δωρεάν χάρτες για τις ανάγκες των επισκεπτών, ενώ έχει διασφαλίσει δωρεάν πρόσβαση στο διαδίκτυο (free Wi-fi, internet access point), αυτόματες τραπεζικές υπηρεσίες (ATM) και χώρο φύλαξης αποσκευών (lockers).

Οι θυρίδες αποσκευών βρίσκονται στον Επιβατικό Σταθμό Λιμένος και το μέγεθος των θυρίδων είναι: 

Ύψος: 50εκ 

Πλάτος: 40εκ

Βάθος: 1m

Η χρέωση για τη χρήση αυτών των θυρίδων είναι 2 € για 8 ώρες.

Για μεγαλύτερο χρονικό διάστημα, η χρέωση είναι επιπλέον 1 €. Συνολικά, η χρέωση για 24 ώρες είναι 3 € επιπλέον.